FreePCBの最新バージョンは1.355ですが、このバージョンにはバグがあります。ネットリストを読み込んでレイアウトをした後、再度ネットリストを読み込んだとき、修正不要の配線まで消えてしまいます。それなので、1つ前のバージョン、1.354を使うと、幸せになれます。
参考:
New User Alart @ FreePCB User Forum
Importing new netlist lose traces@FreePCB User Forum
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